Johann Christoph Altnikol (* Ende Dezember 1719 in Berna; † 25. Juli 1759 in Naumburg (Saale); in manchen Quellen auch Altnickol) war ein deutscher Komponist und Organist. Er war Schüler und Schwiegersohn von Johann Sebastian Bach.
Von 1733 an besuchte er das Lyceum in Lauban. Zwischen 1740 und 1743 war er als Sänger und Aushilfsorganist an der Breslauer Kirche St. Maria Magdalena tätig. Ab dem Jahr 1744 studierte Altnikol in Leipzig Theologie. Dort kam er auch in Kontakt mit seinem Lehrer und späteren Schwiegervater Johann Sebastian Bach.
Im Januar 1748 wurde er Organist im schlesischen Niederwiesa bei Greiffenberg, unterstützt wiederum durch eine Empfehlung Bachs:«Er ist ein Ecolier, dessen ich nicht zu schämen haben darf».
Im September desselben Jahres übernahm er den frei gewordenen Organistenposten der Stadtkirche St. Wenzel in Naumburg (Saale) und behielt diese Stellung bis zu seinem Lebensende.
Am 20. Januar 1749 heiratete er Elisabeth Juliane Friedericia Bach, die Tochter seines Kompositions- und Klavierlehrers J. S. Bach. Nach dem Tod seines Schwiegervaters nahm Altnikol den geistig behinderten Gottfried Heinrich Bach (1724-1763, ältester Sohn aus der Ehe Johann Sebastians mit Anna Magdalena) in sein Haus auf und betreute ihn bis zu seinem Tod.
Über Altnikols späteres Leben ist ansonsten nur wenig bekannt. 1750 bis 1751 war er vorübergehend Lehrer von Johann Gottfried Müthel.
