Johann Degen wurde vermutlich zwischen 1586 und 1588, als Sohn eines Schneiders in Weismain geboren. Hier dürfte er auch seinen ersten Unterricht erhalten haben. Im Vorwort zu seinem Gesangbuch erinnerte Degen sich an den Chorgesang in seiner Heimatstadt, für den in erster Linie Lehrer und Schüler zuständig waren.
Erstmals ist Johann Degen für uns im Dezember 1611 faßbar, als ihn der Pfarrer und der Rat der Stadt Staffelstein als Cantor,d.h. als zweiten Lehrer, anstellten.
Am 7. März 1613 kündigte Degen sein Lehreramt in Staffelstein, da er vorhatte,"sich in geistlichen Standt zu begeben".Noch im selben Jahr empfing er die Priesterweihe und wurde Kaplan bei St.Martin in Bamberg.
Neben seinem Kaplansamt übte Johann Degen mehrere Jahre lang (1613 bis wenigstens 1616 und spätestens 1624 bis 1626) den Posten des Organisten bei St. Martin aus – eine höchst ungewöhnliche Konstellation.
Nachruhm hat Johann Degen durch die Zusammenstellung eines deutschen Gesangbuchs für die Diözese Bamberg erlangt. Am 25. Juli 1626 erbat er hierfür die Druckerlaubnis. Knapp anderthalb Jahre später erschien das "Catholische Gesangbuch".1670 wurde Degens Gesangbuch neu aufgelegt,und zwar unter dem Titel "Bamberger Gesangbuch".
Die Besonderheit des Degenschen Gesangbuches von 1628 besteht darin, daß jede Melodie vierstimmig abgedruckt ist.
Das letzte bekannte Werk von Kaplan Johann Degen war eine Sammlung von 53 teils vier-, teils fünfstimmigen Motetten, die er 1631 dem Abt von Ebrach widmete.
