Joseph Küffner (* 31. März 1776 in Würzburg; † 9. September 1856 ebd.) war ein deutscher Musiker und Komponist.
Küffner entstammt aus einer fränkischen Musikerfamilie. Er war als Violonist im Würzburger Hoforchester tätig und trat auch als Solist auf. Mit der Einverleibung Frankens in das Königreich Bayern wurde er vorübergehend des Hofmusikdienstes enthoben. Er übernahm aber den Musikmeisterposten in einem bayrischen Regiment und erhielt die Aufgabe, die Militärmusik zu reorganisieren. Vor diesem Hintergrund wirkte er als Komponist. Er widmete er sich neben der Militärmusik auch der Harmoniemusik, die sich großer Beliebtheit erfreute. Daneben schrieb er auch zahlreiche Stücke für Gitarre und insbesondere mehrere Dutzend Trios für zwei Instrumente und Gitarre.