Italienischer Cellist und Komponist. Er war der Sohn des Kirchenmusikers Giovanni Maria Bononcini aus Modena. Seine erste künstlerische Ausbildung erhielt er durch seinen Vater.
Ab 1688 bekleidete Bononcini das Amt eines Kirchenmusikers in Bologna, wo er die Bekanntschaft mit dem berühmten Librettisten Silvio Stampiglia machte. In Zusammenarbeit mit Stampiglia entstanden in den Jahren 1692 bis 1696 fünf Opern. Von 1692 bis 1711 war er in Wien Mitglied der Hofkapelle Kaiser Leopolds I., wo er auch als Komponist Erfolg hatte. Anschließend unternahm er längere Studienreisen, u.a. nach Venedig und Rom. Von dort aus engagierte ihn 1720 (zusammen mit Georg Friedrich Händel!) das italienische Opernhaus in London.
Bononcinis Werke waren denen Händels durchaus ebenbürtig, und das Komponieren der beiden Musiker geriet streckenweise zu einem regelrechten Wettkampf.
Um die Jahreswende 1727/28 kam es zu einem Skandal in London, als Bononcini das Madrigal “In una siepe ombrosa” als seine eigene Schöpfung ausgab. Tatsächlich stammte es von Antonio Lotti, der es als Teil seiner “Duetti, terzetti e madrigali” veröffentlicht hatte. Von da an war Bononcini in England eine persona non grata, die keine Aufträge mehr erhielt und deren Werke nicht mehr aufgeführt werden durften. Durch diese Plagiatsaffaire gezwungen, ging Bononcini nach Paris und später wieder nach Wien. Seine letzte bekannte Komposition, ist das durch die Kaiserin in Auftrag gegebene “Te Deum” von 1741. Seine letzten Lebensjahre verbrachte Bononcini in Venedig, wo er im Alter von 77 Jahren verstarb.