Michael Gotthard Fischer war ein Schüler von Johann Christian Kittel, somit Enkelschüler Johann Sebastian Bachs. Fischer trat Kittels Nachfolge als Organist an der Erfurter Predigerkirche an und wirkte auch an der Barfüßerkirche als Organist. Ab 1816 unterrichtete Fischer am Lehrerseminar Erfurt Generalbass und Orgel. August Gottfried Ritter, Ludwig Ernst Gebhardi und Eduard Grell gehörten zu seinen Schülern. Auf Grund seines Gichtleidens, war er gezwungen 1820 sein Organistenamt niederzulegen.

Fischer schuf zahlreiche Vokal- und Instrumentalkompositionen für Soloinstrumente, kleine und große Besetzungen, Bekanntheit erlangten im Wesentlichen seine Orgelkompositionen.