Johann Christoph Bach, der älteste Sohn Heinrich Bachs, galt bereits in der Familientradition als das große Genie vor Johann Sebastian; in der Familienchronik wird er als der große und ausdrückende Componist bezeichnet und Carl Philipp Emanuel Bach attestierte ihm, er habe sowohl galant und singend, als auch ungemein vollstimmig zu setzen vermocht und sei in Erfindung schöner Gedanken sowohl, als im Ausdruck der Worte, stark gewesen. Er wurde vermutlich von dem Arnstädter Kantor Jonas de Fletin unterwiesen, der als Schüler von Heinrich Schütz das Ideal eines italienische und deutsche Traditionen verschmelzenden Kompositionsstils vertrat. Ab 1665 war er Stadtorganist in Eisenach. Sein Verhältnis zum Rat der Stadt war oft angespannt, da dieser die erforderlichen Mittel für die Reparatur der Orgel nicht bewilligen wollte und zudem Bachs Gehalt oft erst verspätet bezahlte. Dass ihn auch die blanke Not und das Wohl seiner Kinder bewegte, zeigt eine Eingabe an den Stadtrat: "ich habe bißhehr, wenn ein quartal fellig gewest, nach diesem Gelde so offt schicken müssen, daß ich mich geschämet"… und weiter "weil ich sonnst nicht weiß, wie ich mich mit meinen kindern behelfen und fortbringen soll".
Seine Notizen für den Wiederaufbau der Orgel in der St.-Georgs-Kirche in Eisenach sind vollständig erhaltenen.