Johann Rudolf Weber (* 23. September 1819 in Wetzikon; † 22. September 1875 in Beatenberg) war ein Schweizer Musikpädagoge und Komponist. Er gilt als ‚Sängerväter‘ des Kantons Bern.
Schon früh durch den Wetziker Dorfpfarrer Hans Konrad Nägeli musikalisch gefördert, wurde er 1832, durch Vermittlung des Pfarrers Schüler bei dessen Bruder in Zürich, dem berühmten Komponisten Hans Georg Nägeli vorgestellt, und kam so in Berührung mit der Wetziker Schule, deren Ideen er künftig verbreitete. 1835 trat er ins Zürcherische Lehrerseminar unter Ignaz Thomas Scherr ein.
Dank eines Stipediums konnte er sich in Deutschland weiterbilden, u. a. bei Friedrich Silcher in Tübingen und bei Johann Georg Frech am Schullehrerseminar Esslingen. Politisch bedingt ließ sich Weber nach seiner Rückkehr 1839 im Kanton Bern nieder, wo er 1842 eine Anstellung am Lehrerseminar erhielt. Daneben gab er Gesangsunterricht am Lehrerinnenseminar in Hindelbank. In dieser Zeit veröffentlichte er ein Schulgesangbuch samt Gesanglehre. Nach Gründung der Berner Musikschule und der damit verbundenen Ausübung zahlreicher Ämter (ab 1858) verfasste er in den Jahren danach die ‚Gesanglehrmittel für die bernische Volksschule‘, die später auch in anderen Kantonen übernommen wurde.
Gesundheitliche Beschwerden zwangen Weber 1875 zum Rücktritt von allen Ämtern. Während eines Kuraufenthaltes starb er kurz vor seinem 56. Geburtstag. Nach ihm ist seit 1916 eine Straße in Bern benannt.