Wilhelm Nelle (9. Mai 1849 in Schwöbbe (bei Hameln) – 15. Oktober 1918 in Münster) war ein deutscher evangelischer Theologe und Kirchenmusiker.

Wilhelm Nelle wirkte von 1861 bis 1867 als Organist in Bad Godesberg. Er studierte anschließend evangelische Theologie in Halle und Tübingen. Ab 1879 wirke Nelle als Pfarrer in Altendorf-Essen. 1889 wurde er Superintendent in Hamm (Westfalen). 1905 ernannte ihn die Universität Breslau zum Dr. theol. h.c.

Wilhelm Nelle wirkte als Mitarbeiter in verschiedenen Kommissionen zur Herausgabe neuer Gesangbücher und Agenden. Wilhelm Nelle wirkte zugleich als Professor für Hymnologie und Liturgik an der Universität Münster. Durch seine zahlreichen Kirchenmusikkurse, Vorträge, Publikationen und liturgischen Entwürfe trug Nelle wesentlich zur Förderung der evangelische Kirchenmusik bei. Durch seine Schrift „Das evangelische Gesangbuch“ (Essen 1883, das die Ausgabe von 1835 behandelt) gab er den Anstoß zum Neuen evangelischen Gesangbuch für Rheinland und Westfalen (Dortmund 1895), dessen Texte und Melodien er mit bearbeitete.