Johann Jakob Nater (* 4. August 1826 in Hugelshofen; † 19. Juli 1906 in Wädenswil) war ein Schweizer Komponist, Organist und Dirigent der Romantik. Er stammte aus einem reformierten Thurgauer Geschlecht. Über seine Ausbildung und seinen Werdegang ist nichts bekannt. Überliefert ist seine Tätigkeit als Chordirigent in Zürich, wo er u. a. mit dem Verleger Hermann Nägeli, dem Sohn Hans Georg Nägelis, verkehrte. Zunächst in Meilen (am Zürichsee) als Organist tätig, war er 1867 in den Dienst der reformierten Kirche Wädenswil getreten. Hier spielte er die im gleichen Jahr anlässlich des Kirchenjubiläums von Nepomuk Kuhn, Gründer der traditionsreichen Firma Kuhn, erbaute, romantisch disponierte Kegelladen-Orgel. Als Organist begleitete er nicht nur Gottesdienste, sondern trat auch bei Sängerfesten oder Konzerten, unter anderem des 1851 gegründeten Wädenswiler Männerchors „Eintracht“ auf.
1902 trat Nater als Organist zurück und wurde durch den ebenfalls als Komponist tätigen Fritz Stüssi ersetzt. Vier Jahre später verstarb er.
Neben einer Weihnachtskantate und einigen weiteren geistlichen Vokalwerken schuf Nater eine Vielzahl von Liedern für Chöre.
