(Johann) Michael Haydn (* 14. September 1737 in Rohrau; † 10. August 1806) war ein österreichischer Komponist und der jüngere Bruder von (Franz) Joseph Haydn (1732-1809).



Michael Haydn war wie sein Bruder Sängerknabe an St. Stephan in Wien. Kurz nachdem er die Chorschule verlassen hatte, wurde er zum Kapellmeister in Grosswardein und später (1762) auch zum Hofkomponisten in Salzburg ernannt. Dieses Amt hielt er 43 Jahre lang, während dessen er 360 Kompositionen für die Kirche und viel Instrumentalmusik schrieb. Er war ein Freund Mozarts, der eine hohe Meinung von seinem Werk hatte, und Lehrer von Carl Maria von Weber.



Sein unter Katholiken bekanntestes Werk ist das "Deutsche Hochamt" ("Hier liegt vor Deiner Majestät"), das zu den wenigen kirchlichen Volksgesängen aus der Klassik zählt.



Haydns geistliche Chorwerke werden allgemein als seine wichtigsten betrachtet, darunter die Missa Hispanica (für die er in Stockholm sein Diplom erhielt), eine Messe in d-moll, ein Lauda Sion und eine Reihe von Gradualien, von denen 42 in Anton Diabellis Ecciesiaslicon gedruckt wurden. Er war auch ein fruchtbarer Komponist weltlicher Musik, unter anderem 40 Sinfonien, einige Konzerte und Kammermusik, darunter ein Streichquartett in C-Dur, das einst seinem Bruder Joseph zugeschrieben wurde.