Nikolaus Selnecker auch Sellenecker (* 6. Dezember 1530 in Hersbruck; † 24. Mai 1592 in Leipzig) war ein deutscher evangelischer Theologe, Reformator, Kirchenliederdichter und -komponist.
Nikolaus Selnecker, Sohn eines Stadtschreibers und Notars Georg Schellenecker und Dorothea (geb. Peer) , wuchs seit 1534 in Nürnberg auf. Seit früher Jugend widmete er sich der Musik und wird 1542 Organist an der Nürnberger Burgkapelle. Dann begann er Jurisprudenz zu studieren, ging aber auf Anraten von Wenzeslaus Linck und Veit Dietrich 1549 zur Theologie über.
Die Freundschaft seines Vaters mit Philipp Melanchthon öffnete ihm das Haus des Präzeptors. 1554 Magister, trieb er mit Eifer theologische Studien. An der Übereinstimmung Melanchthons mit Martin Luther hat er nie gezweifelt. Melanchthon empfahl ihn 1557 als dritten Hofprediger nach Dresden. Dort leitete er den Chor der Hofkirche und übernahm 1558 auch die Erziehung des Kurprinzen August. 1559 heiratete er die Tochter des Superintendenten Daniel Greiser, unter dessen Einfluss er geriet.
Selnecker ging 1565 als Theologieprofessor nach Jena, musste aber schon nach 2 Jahren den Gnesiolutheranern Platz machen. 1568 ernannte ihn Kurfürst August zum Professor der Theologie in Leipzig. In Wittenberg erwarb er sich 1570 den Doktorgrad. Er übernahm daraufhin das Amt des Generalsuperintendenten in Braunschweig Wolfenbüttel, hatte jedoch in Braunschweig einen schweren Stand gegenüber Martin Chemnitz und Jacob Andreae. Als Philippist konnte Selnecker sich zu den Verhandlungen über die Konkordienformel nicht verstehen und geriet in schwere Anfechtungen. In dieser Zeit dichtete er das Lied „Laß mich dein sein und bleiben“.
In dieser für ihn unglücklichen Zeit hielt er sich bald in Gandersheim, 1572 in Oldenburg auf, wo er das Kirchenwesen neu ordnete. 1574 wurde er endlich alsPfarrer an St. Thomas und Superintendent nach Leipzig berufen. Als Ireniker wusste er die Konkordie zu fördern. Als aber Andreae eigenmächtig handelte, fühlte sich Selnecker zurückgesetzt. Die Freundschaft mit Andreae zerbrach. Seine letzten Lebensjahre waren verdüstert.
Nach dem Tode des Kurfürsten August wurde er abgesetzt und floh 1589 aus Sachsen. Kurze Zeit war er Superintendent in Hildesheim, konnte aber nach dem Regierungswechsel 1591 nach Leipzig zurückkehren. Bald darauf starb er und wurde fürstlich in der Thomaskirche beigesetzt. Selnecker hinterließ 170 Schriften, darunter die Historia Lutheri (1575) und die Historie der Augsburgischen Konfession (1584) und war an der Ausarbeitung des Konkordienbuches beteiligt. Auch beeinflusste er die Konvente in Torgau und Bergen entscheidend. Er hatte auch 120 Lieder gedichtet, von denen einige noch im EKG stehen.