Buxtehude war zuerst Organist an der Marienkirche in Helsingor (Helsingborg, Halsingborg), einer deutschsprachigen Kirchengemeinde im damaligen Dänemark (heute Schweden).



Seine Vorfahren stammen aus Buxtehude bei Hamburg und Oldesloe in Holstein. Ab dem 11. April 1668 war er Organist an der Marienkirche in Lübeck - eine der renomiertesten Anstellungen in Nordeutschland. Diese Stelle hatte er bis zu seinem Tode (16.5.1707) inne. Seine Grabstätte liegt bei der Marienkirche in Lübeck.