Jean de Macque war 1563 Sänger der Hofkapelle Wien und ging dann vermutlich nach Italien, wo er nach eigener Bezeugung Schüler von Philippe de Monte (1521–1603) war. Um 1568 ist er als Organist an der Kirche San Luigi dei Francesi in Rom nachweisbar. Eine einflussreiche Rolle spielte er dort in der von Luca Marenzio (1553–1599) geleiteten Virtuosa Compagnia dei Musicisti, der unter anderen auch Giovanni Pierluigi da Palestrina (1525–1594), Giovanni Maria Nanino (1545–1607), Francesco Soriano (1548–1621) und Felice Anerio (um 1560–1614) angehörten. Um 1586 trat er in Neapel in den Dienst des Fürsten Fabrizio Gesualdo di Venosa (Vater des Komponisten Don Carlo Gesualdo di Venosa), wurde 1590 zweiter Organist an der Kirche SS. Annunziata in Neapel, 1594 Organist und 1599 Kapellmeister der Real Cappella. Zu seinen Schülern gehörten Giovanni Maria Trabaci (um 1575–1647), Andrea Falconiero (um 1585–1656) und Luigi Rossi (1597–1653).

De Macque war einer der letzten bedeutenden niederländischen Komponisten, die in Italien heimisch wurden. Besonderes Interesse verdienen nicht so sehr seine zahlreichen Madrigale als vielmehr seine Orgelwerke wegen der reichen Verwendung von Dissonanzen und Chromatik.