Friedrich Brauer wurde 1806 in Stößen, einer Stadt westlich von Naumburg im heutigen sachsen-anhaltinischen Burgenlandkreis geboren. Er studierte an einem Lehrerseminar, vermutlich in Weißenfels und wirkte danach zunächst als Lehrer und Kantor in seinem Heimatort Stößen. 1846 wurde er dann als Nachfolger von Carl Theodor Seiffert zum Organisten der berühmten Hildebrandt-Orgel der St.-Wenzelskirche in Naumburg berufen. Auch als Orgelsachverständiger und Herausgeber eines Teils des Briefverkehrs zwischen Bach und seinem Schwiegersohn Altnikol ist er damals hervorgetreten.
