Das Geburtsjahr 1556 von Johannes Nucius, eigentlich Johannes Nüßler, gilt nicht als absolut gesichert. Alle wichtigen Daten zu seiner Person stammen aus den jeweiligen Vorworten zu seinen gedruckten Werken, wobei sein Geburtsort Görlitz von ihm selbst in der Ausgabe seiner Motetten (1591) angegeben wurde. Das Vorwort zu seiner Schrift Musices poeticae vom Dezember 1612 enthält die Angabe, er habe sich seit 42 Jahren mit Musik beschäftigt, woraus sich aber kein sicheres Geburtsjahr ergibt. Das in der allgemeinen Literatur immer wieder genannte Jahr 1556 ist, streng genommen, eine Vermutung. Nach eigener Aussage war er am Görlitzer Gymnasium Augustum ein Schüler von Johann Winckler aus Mittweida, der in Görlitz von 1573 bis 1582 wirkte. Noch 40 Jahre später lobte der Komponist Wincklers Unterricht, der ihm, wie er im Vorwort ausführte, die Grundlagen zu seiner Musices poeticae gab. Aus den guten Latein-Kenntnissen ergibt sich auch eine fundierte humanistische Bildung des Komponisten. Um das Jahr 1586 trat Nucius in die Zisterzienserabtei Rauden in Oberschlesien ein, was auf ein späteres Geburtsjahr hindeutet, denn es war für damals eher ungewöhnlich, dass ein Novize erst mit 30 Jahren in ein Kloster eintritt. Wenig später wurde er zum Diakon geweiht.
Schon im Jahr 1591 wurde er zum Abt von Himmelwitz gewählt, eine kleinere Tochtergründung des Klosters Rauden. Im Jahr 1598 delegierte er viele seiner administrativen Aufgaben an eine seiner Prioren, um mehr Zeit für das Komponieren und Schreiben zu gewinnen. In dieser Zeit schrieb er sein zweites Motettenbuch, dem Leubusser Abt Matthäus Rudolph gewidmet, welches zusammen mit der zweiten Auflage seines ersten Motettenbuchs im Jahr 1609 bei Nicolaus Sartorius (1605–1670) in Liegnitz erschien. Die in dieser Zeit ebenfalls entstandenen Messen sind nicht erhalten geblieben, nachdem sie nicht gedruckt wurden. Die für die Kompositionslehre des 17. Jahrhunderts bedeutsame Abhandlung Musices poeticae kam 1613 zur Veröffentlichung. Bei einem Brand des Klosters am 22. Juni 1617 ist neben der Kirche und mehr als der Hälfte der Gebäude auch der gesamte Notenbestand vernichtet worden, darunter ein Teil von Nucius’ Werken, auch der zweite Teil des Manuskripts der erwähnten Abhandlung. Eine Folge des Brandes war auch, dass Nucius in seinen beiden letzten Lebensjahren in hohem Maße damit beschäftigt war, den Wiederaufbau von Kirche und Kloster zu leiten.
Johannes Nucius starb schwer krank und erblindet am 25. März 1620 in Himmelwitz und wurde in der von ihm erbauten Abteikirche beigesetzt. In seinem Sterbeort erinnert eine Gedenktafel am ihn.
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