In seiner Jugendzeit war Benedetto Pallavicino nach Aussage seines Zeitgenossen Giuseppe Bresciani (1599–1670) Organist an verschiedenen Kirchen der Provinz Cremona; er könnte dort bei Marc’Antonio Ingegneri studiert haben. Seine erste Veröffentlichung, ein Buch mit vierstimmigen Madrigalen, widmete er im Jahr 1579 der Accademia Filarmonica di Verona. Spätestens 1581 trat er in Sabbioneta bei Mantua in den Dienst von Vespasiano Gonzaga; zwei Jahre später ging er nach Mantua an den herzoglichen Hof von Guglielmo Gonzaga, wo er zusammen mit Giaches de Wert, Giovanni Giacomo Gastoldi, Salamone Rossi und Claudio Monteverdi wirkte. In dieser Stellung blieb er bis an sein Lebensende. Das früheste Zeugnis seiner Zeit in Mantua ist ein Brief vom 29. Oktober 1583, in welchem er als Sänger und Komponist bezeichnet wird. 1584 wurde er nach Venedig entsandt, um seine sängerischen Fähigkeiten zu verbessern und die dortige Vokalpraxis zu studieren; dann erneut im Jahr 1586, um mit Antonio Gardano den Druck des Magnificat von Guglielmo Gonzaga vorzubereiten und zu überwachen. Seine Widmung der eigenen sechsstimmigen Madrigale von 1587 an Guglielmo Gonzaga zeugt von seiner Bewunderung für dessen Kompositionen.
Herzog Guglielmo Gonzaga starb im August 1587 und dessen Sohn Vincenzo wurde sein Nachfolger. Mit Vincenzo Gonzaga hatte Pallavicino zunächst Schwierigkeiten. Nachdem er 1588 sein viertes Buch mit fünfstimmigen Madrigalen dem neuen Herzog mit begeisterten Worten gewidmet hatte, schien er nicht besonders hochgeschätzt zu werden; eine Gehaltsliste von 1588/89 zeigt, dass er weniger Geld bekam als die meisten anderen Musiker bei Hofe. Er bewarb sich deshalb um eine Stellung an der Scuola degli Accoliti in Verona und als Leiter des dortigen Kathedralchors. Er hatte damit aber keinen Erfolg, indem der Veroneser Musiker Giammateo Asola den Posten bekam, und er blieb in Mantua. Nach dem Ableben von Giaches de Wert 1596 wurde er dessen Nachfolger als Kapellmeister am Hof der Gonzaga. Über das letzte Lebensjahrzehnt des Komponisten gibt es wenig Informationen. Die Widmung in seinem sechsten Madrigalbuch, die im Jahr 1600 an Herzog Alessandro Bevilacqua gerichtet war, lässt darauf schließen, dass er eine häufige Förderung seitens der Accademia Filarmonica in Verona erfuhr. Im November 1601 verstarb der Komponist an Fieber im Alter von etwa 50 Jahren.
Nachdem er verstorben war (sein Nachfolger war Claudio Monteverdi), veröffentlichte Benedettos Sohn Bernardino Pallavicino, ein Kamaldulensermönch an San Marco in Mantua, in den Jahren 1604 und 1612 das siebente und achte fünfstimmige Madrigalbuch seines Vaters zusammen mit zwei weiteren Büchern geistlicher Musik. Die relative Ähnlichkeit von beider Vornamen führte in der Folgezeit zu Verwechslungen und zunächst zu der fälschlichen Annahme, dass Benedetto Pallavicino ein Ordensangehöriger der Kamaldulenser gewesen sei, der nach 1612 verstorben ist.
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