Die böhmische Musikgeschichte nennt eine ganze Reihe von Musikern gleichen Namens, Gottlob Matthäus darf als der Bedeutendste angesehen werden. Er entstammte einer einer weit verbreiteten Lehrer- und Musikantenfamilie und wurde am 16. Februar 1684 in Nimburg, nordöstlich von Prag gelegen, getauft. Über seine Jugendzeit ist fast nichts bekannt.
In Prag widmete er sich zunächst dem Studium der Theologie und trat 1703 in das dortige Franziskanerkloster St. Jakob ein. Der Franziskaner-Orden verfügt traditionell über enge Verbindungen zu Italien; so wurde Cernohorsky ein Studium in Padua ermöglicht, wo er auch als Chorregent an S. Anna wirkte und den Titel eines "magister musicae" führen durfte. Als Organist unter der Bezeichnung "padre boemo" taucht er 1715 auch in Berichten der Klosterkirche von Assisi auf. Daß er dort den berühmten Geiger Giuseppe Tartini unterrichtet habe, wird zwar oft behauptet, läßt sich jedoch nicht mit Sicherheit belegen.
Für die Zeit nach 1728 kann er wieder in Prag nachgewiesen werden. Als Musikdirektor, Lehrer und Komponist wirkte er ab 1739 an der St. Jakobs-Kirche in Prag. Dort stand ihm eine prächtige, klangschöne Orgel (1702 erbaut von Abraham Stark aus Ellenbogen) zu Verfügung. Für sie schuf Cernohorsky eine ansehnliche Reihe bedeutender Orgelmusik, aber auch vokale und instrumentale Kirchenmusik. Leider haben sich davon nur ganz wenige Stücke erhalten. Das Minoritenkloster brannte nämlich 1754 vollständig ab, wobei auch das Musikarchiv vernichtet wurde. Auf einer neuerlichen Reise nach Italien ereilte den weit über die Grenzen Böhmens hinaus bekannt gewordenen Meister am 1. Juli 1740 der Tod.
Der Schülerkreis Cernohorskys in Prag dürfte recht umfangreich gewesen sein, wenn auch manche behauptete Bekanntschafte eher als flüchtige Begegnungen einzustufen ist. Ob beispielsweise Chr. W. Gluck, der für die Jahre 1734 - 36 in seiner Autobiographie von einer Bekanntschaft mit Cernohorsky berichtet, für seine künstlerische Entwicklung wirklich Wesentliches vom padre boemico empfing mag dahingestellt bleiben.
Im Schaffen Cernohorskys, den seine Landsleute zu Recht "Vater der böhmischen Musik" nennen, kristallisieren sich nicht nur die typischen Eigenschaften der tschechischen Polyphonie, sondern zugleich auch jene Kompositionsmerkmale, die für die sich entwickelnde Vorklassik von hoher Bedeutung wurden. Natürlich reicht Cernohorskys Kunstfertigkeit nicht an die Monumentalität eines J.S. Bach heran; gleichwohl schuf seine künstlerische Persönlichkeit wesentliche Voraussetzungen zur Weiter- und Fortentwicklung der spätbarocken und vorklassischen Stilepoche.
Die Vokalmusik Cernohorskys wird durch die für die Situation nach der Gegenreformation typische Hinwendung zum a-capella-Stil Italiens charakterisiert. Sie kennzeichnet eine klare, manchmal geradezu "kühle" Stimmführung nach dem Prinzip des Sekund-Fortschritts. Im weiträumigen Bau der Chorfugen herrscht eine strenge Ordnung vor, die emotionale oder textinterpretierende Einflüsse nahe zu völlig ausschließt. Dessen sollte sich auch eine moderne Interpretation stets bewußt bleiben. Die in der vorliegenden Fassung enthaltenen dynamischen Angaben sind deshalb lediglich als Anregung zum Zwecke der Verdeutlichung des architektonischen Aufbaues zu verstehen.