François Benoist estudió desde 1811 en el Conservatorio de París con Charles-Simon Catel y Louis Adam. En 1815 recibió el Premio de Roma por la cantata Oenone. Después de una estancia en Italia, trabajó desde 1819 como el primer organista de la corte real y profesor de órgano en el Conservatorio. Sus estudiantes más destacados fueron César Franck, Camille Saint-Saëns, Charles Lecocq, Louis Lefébure-Wély y Adolphe Adam. A partir de 1840 fue también director de estudios (principal chef de chant) en la Ópera de París.

Benoist compuso entre otras cosas dos óperas y música de ballet, una misa con órgano y numerosas piezas de órgano.