Carl Heinrich Zöllner (* 5 de mayo de 1792 en Oels, Silesia; † 2 de julio de 1836 en Wandsbek) fue un pianista, organista y compositor alemán. El padre de Zöllner era organista de la Schlosskirche de Oels y dio a su hijo clases de órgano a una edad temprana. Tras formarse con Friedrich Wilhelm Berner en Breslau y trabajar como profesor de música en Oppeln, Carl Heinrich Zöllner decidió seguir una carrera como pianista, organista y compositor itinerante, que le llevó a muchas ciudades europeas (entre ellas Varsovia, Londres, Leipzig, Hamburgo y Copenhague). Su forma de tocar el órgano, en particular, fue aclamada por la crítica y celebrada por el público. En 1832, Zöllner se instaló en Hamburgo, donde dio su última actuación pública el 22 de septiembre de 1835.
Hoy en día sólo se conocen unas pocas obras de Zöllner. El 27 de marzo de 1826 se estrenó en el Theater an der Wien la ópera de Zöllner en cinco actos "Kunz von Kauffungen". Con "Variations pour l'Orgue sur le Theme God save the King" también se ha conservado una obra para órgano de Zöllner.