Stefan Wagner studierte Kirchenmusik, Orgel und Elementare Musikpädagogik an der Musikhochschule Augsburg (Orgel bei Prof. Karl Maureen und Orgelimprovisation bei Johannes Mayr). Im Jahr 2000/2001 absolvierte er an der "School of Music" an der "University of East Anglia" in Norwich (England) einen Aufbaustudiengang "Church Music". Der Titel "Master of Music" wurde ihm im Januar 2002 verliehen. Seine Lehrer in England waren Anne Page (Cambridge) und Peter Aston (Norwich). Von September 2000 bis Juli 2001 Organist in Coltishall und Great Hautbois. Seit 1. August 2001 ist er Kirchenmusiker an St. Michael in Schwabmünchen, seit 2006 auch Dekanatskantor. Dort ist er auch künstlerischer Leiter der internationalen Konzertreihe. Im Juli 2002 erhielt er das Konzertdiplom an der Musikhochschule Augsburg. Konzerte in England, Tschechien in der Region Augsburg und auf der EXPO 2000 in Hannover. Besuch von Interpretations- und Improvisationskursen bei E. Kooiman, Willibald Bezler, A. Gast, H. Vogel, Wolfgang Seifen und Naji Hakim. Im Juli 2004 Examen als "A-Kirchenmusiker".