Francisco Guerrero erhielt seine erste musikalische Ausbildung als Chorknabe der Kathedrale von Sevilla von seinem älteren Bruder Pedro (* 1520) und durch Kapellmeister Pedro Fernández de Castilleja. Auch Cristóbal de Morales unterrichtete ihn. Mit 17 Jahren wurde er 1546 zum Kapellmeister der Kathedrale von Jaén ernannt. Bevor er sein 30. Lebensjahr vollendet hatte, genoss er dank seiner Veröffentlichungen einen guten Ruf.
Er wurde zum Kapellmeister der Kathedrale von Málaga gewählt, folgte dem Ruf jedoch nicht.
1551 wurde er als Assistent von Kapellmeister Fernández de Castileja und als Chorregent an der Kathedrale von Sevilla eingestellt. Erst 1574, nach dem Tode Fernández erhielt Guerrero dort die Stelle des Kapellmeisters. Ausgiebige Reisen führten ihn im Dienste des Kaisers Maximilians II. durch Spanien und Portugal. Zu den Hochzeitsfeierlichkeiten des spanischen Königs Philipp II. mit Anna von Österreich begleitete er den Erzbischof von Sevilla nach Italien, wo er in einer Privataudienz Papst Gregor XIII. seine zweite Sammlung Messen überreichte. Mehr unter https://de.wikipedia.org/wiki/Francisco_Guerrero_(Komponist)