Pasquini wurde in Ferrara geboren. Studium bei Alessandro Milleville (1521-1589).
Am 1. Mai 1592 wurde Pasquini Organist der Ridotti von Mario Bevilacqua und der Olivetianischen Kirche Santa Maria in Organo in Verona.
Am 6. Oktober 1597 wurde er zum Organisten der Capella Giulia im Petersdom in Rom gewählt. Im Sommer und Herbst 1604 übernahm er dieselbe Position am Santo Spirito in Sassia und setzte seine Tätigkeit bei St. Peter fort.
Laut Bericht von Agostino Faustini aus dem Jahr 1646 starb Pasquini in Rom.
